自分で設定してみたい人向けに、私のわかる範囲で他のポイントも書いていこうと思います。
まずはウィンドウ。

ブラシ用は3種あります。好みで使い易いものを使ってください。

このウィンドウ配置だと、
「タブウィンドウ(ドッキングパレット?)」は左側
「通常ウィンドウ」は閉じられている
「パネル1」は右上に折りたたまれています。折りたたみはカーソルを持って行くと開きます。
※通常ブラシウィンドウには、猫補正強度の数値設定箇所がないので注意してください。
メニューバーの「ブラシ」にある、サンプルペンを基準に説明していきます。

「補正弱」の付いたものと付いてないものがありますが、
補正によって不満がでてくることがあります。
・描画が遅れる
・実際のペンの位置から遅れた場所に描画ラインがある
・線が動く
補正を使うと滑らかな線を描くことができますが、設定強度によっては問題もでてくるので上手く自分の使いやすい補正レベルを探してください。

「補正S」はnpaint1000.zipから追加された機能です。
npaint136fullにも入っています。
「補正」と「猫補正」を強くすると線が省略され易くなるなるので、
省略されすぎだと思えば「補正S」を使うと改善されます。
描画遅れが気になる場合、もし「猫補正」を使われていないなら、
「猫補正」にチェックを入れると改善されます。
「猫補正品質」は、「猫補正」の数値が大きくて線が省略される場合、
「高」にすると多少改善される機能です。
補正強度をどうするか決めるとき、表示のサイズも考慮するとよいかもしれません。


さて、「サンプル猫ペン4補正弱」を選びました。

線の太さを変えたいとき

線の濃さを変えたいとき

※「ps 不透明度」での変更は、線画用には不向きです。
猫ペン4とは無関係ですが、「間隔」とブラシ画像を利用した変更ポイントはこんな感じです。

えんぴつ系の、ガタつきのあるブラシにカスタムしてみます。
色々な方法があります。
■テクスチャを使った場合

初期セットに入っている、CIGARETTECANDYさん作成の「ファブリアーノ_s」を選びました。
T効果は「ブラシ濃度」にしなければ重ねても濃くならないです。
数値を低くするとテクスチャ効果が薄れます。
■ランダム最小サイズを使った場合

■ジッターを使った場合

ブラシ画像がいくつもならんで描画されることにより、線となって見えています。
ランダム最小サイズを使うと、ブラシ画像の大小によって線がガタつきます。
ジッターを使うと、描画される位置がブレることにより、線がガタつきます。
■回転を使った場合

縦と横の長さが違うブラシ画像にしてから、「進行方向」か「一定」を選びます。
「回転ポイント」と「ランダム回転」どちらでもよいです。
ガタつかせたいだけなら深く考える必要はありません。
線の強弱について
筆圧感知をなくしたいとき

太さや濃さが均一になります。
※この見本で最初と最後が微妙に薄いのは、「濃度」が下がっているからです。
多少は太さの変化を付けたいが、細すぎるのは嫌 という場合
筆圧の項目を「サイズ」のまま、数値のみ変更するという手もあります。

ブラシ画像の向きについて
太くて先が四角いマジックペンで書くと、角度によって太い部分と細い部分があります。
そんな感じのペン先にしたい場合。

ブラシ画像を長方形系のものにして、ブラシの向きを「一定」にするとこんな感じになります。
「回転」は、画像の角度を決めます。
「回転ポイント」は、動きの量です。画像参照。

「ランダム回転」は、「回転ポイント」の動きがランダムになるようです。
筆圧の細かい設定について
パネル2ウィンドウかタブウィンドウ(左の内側)に筆圧曲線があります。


低い筆圧ですぐに太くなるようにしたいとき

力を入れないと太くならないようにしたいとき
最初と最後の濃さに関しては
メニューバー→「ブラシ」にある、「ブラシ筆圧間隔」も関係します。

筆圧が低いと描画の間隔が広がります。
間隔が広がることで重なりが減り、描画が薄くなるという仕組みです。
白黒原稿用の2値化ペン
※2値化とは、黒と白(透明)状態を指します。

aa のチェックを外すと、アンチエイリアス(輪郭をなめらかにする機能)がなくなります。
このチェックを外していても、濃度が低いと灰色になってしまうので、濃度は100にしてください。
取り合えずペン入れに関しては、上記の項目でそれなりに調整できると思います。
上級レベルになると、こんなやり方もあるようです。
猫ペ製作者さまのえんぴつ系ブラシ設定
※ブラシモード「a1」を使っているので、QT(cute)では使用できません。