http://nekop.seesaa.net/article/145738356.htmlにあります。
CIGARETTECANDY の管理者さんの会話から、水色下書き+シャーペン清書をスキャナで取り込んだときの線画抽出方法を確認してみました。
※ 黄色下書きの場合は一番下にあります。
テスト用画像

これを弄っていきます。

メニューバー 【イメージ】→【トーンカーブ(V)】を開き、赤の左側の丸を上に持っていきます。

緑も同様に。
なお、ここまでの作業はレイヤーモードでも可能でした。

新規レイヤーを作って、R0,G0,B255 の青で塗り潰し、レイヤーモードを「論理包含」に変更。

「比較(明るさ)」を使うなら、黄色で塗り潰し。
■ 下書きが黄色のときも、以下の作業をしていきます。

スキャナ読み込みだと、全体に薄くグレーがかかるので、RGBの項目でこんな形にします。
一つ前の画像だと、全体が黄色になっちゃってましたが、これで白くなりました。
正直、真っ黄色は目が痛いですね・・・。

メニューバー 【レイヤー】→【線画抽出】をクリック

このままだと薄いので・・・

再び メニューバー 【イメージ】→【トーンカーブ(V)】で、次は不透明度を選びます。
線の真ん中辺りをクリックして、左上の方へ引っ張れば濃くなります。

これで完成。
スキャナの性能が良くて、白い部分がグレー掛かってなければ、RGBは弄らなくても大丈夫だと思います。
ポツポツと黒い点(ゴミ)は、手動で消すしかないです。

■黄色線画の場合

レイヤーモードの「論理包含」を使う場合。

「比較(明るさ)」

あとは水色線画のときと同様、トーンカーブRGBで薄い部分を明るく白にし、線画抽出してからその線画の色を濃く変更してください。