画面サイズは1024×768。

写真屋で慣れているので、写真屋と似た配置に。
ブラシウィンドウを出しているけど、折り畳み状態にしてます。
最初の頃は折り畳みを広げる条件がわからなくて使ってませんでした。
一番上までカーソルを持っていくのですね。
青い部分までで止めてましたorz

ブラシウィンドウを出したらこんな感じ。
で、私の画面サイズだと一番下の「格子」が見えないのですね。
だからカスタムでレイヤーとブラシを同じウィンドウにして、こっちのブラシには滅多に使わない格子を常に表示するようにしてます。

カラーパレットは白黒の時だけ使用してます。
パネルという筆・色・テクスチャ&ブラシ画像が纏まった機能が付いていますが、自分は慣れた以前のウィンドウを利用してます。

パネル1、最初は自分には使い難そうと思ったけど、良く考えたらそうでもないですね。

初期設定では「カスタムウィンドウ2」に、「ナビゲーター」と一緒に纏められていたと思います。
このブラシセットに登録すればブラシ設定を簡単に呼び出せるので、他のお絵かきソフトにあるブラシウィンドウ(鉛筆・エアブラシ等)がこれに当たります。
そしてKey設定の「Ctrl」押しっぱなしで消しゴム割り当て。

これを知ってから特にやみつきになった気がします。
消しゴム以外を設定しようとも思えない。すごく便利。
「Alt」の押しっぱなしは私は使用していません。
スポイドは右クリックで可能ですし、物覚え悪いのでそこまで使い分け出来ないです。
難点は、このKey設定のウィンドウを出そうと思ったら
ウィンドウ→カスタム作成→適当なウィンドウに「Key」のチェックを付ける→そのカスタムウィンドウを開く
としなければ設定ウィンドウが出ないことでしょうか。
あと、configフォルダのkey.txtを開くと、ショートカット設定が書いてあります。
どんなショートカットがあるのかの確認とともに、己の使い易い設定に変更が可能です。
頻繁に使用するものは、右利きの人はキーボードの左側、左利きの人は右側のキーを設定すると楽になると思います。
私はバケツツールを{W}、ブラシツールを{A}に割り当てています。
パーツ別けする時に重宝しています。
※ キー設定が被ると使えないので、他に割り当てられていたら変更が必要です。